SEO taxonomie je optimalizace kategorií, štítků a celkové struktury obsahu webu, která zlepšuje viditelnost ve vyhledávačích i uživatelský zážitek. Taxonomie v SEO označuje způsob, jakým je obsah na webu uspořádaný, obvykle pomocí kategorií, štítků nebo vlastních taxonomií. Správně uspořádaný obsah vyhledávačům usnadňuje pochopení a indexaci webu a uživatelům pomáhá snáz najít související obsah.
Optimalizace taxonomie znamená zajistit, aby kategorie a štítky byly relevantní, správně pojmenované a dobře uspořádané. Může zahrnovat i interní odkazy mezi souvisejícími stránkami a optimalizaci každé stránky kategorie nebo štítku pomocí relevantních klíčových slov, jasného obsahu a dobré navigace. Tento přístup pomáhá pozicím v SEO a zároveň zlepšuje uživatelský zážitek, protože web je intuitivnější a snáz se v něm orientuje.